新型コロナウイルスの感染拡大を受け、政府は不要不急の外出自粛を呼びかけ、企業にはテレワークへの移行、学校には臨時休校が要請された。卒業式や入学式、入社式は中止となり、競技会や人の集まるイベントなども相次いで延期・中止を発表。国立博物館をはじめとする美術館やミュージアムなども臨時休館の措置を取るととなった。
日清食品グループでは、2月27日から原則在宅勤務体制へと移行し、2月29日から「カップヌードルミュージアム」を臨時休館することとなった。その後も感染は拡大し、大阪府と神奈川県には新型コロナウイルス感染症緊急事態宣言が発出された。

緊急事態宣言が5月25日に解除されたことを受け、「カップヌードルミュージアム」でも公益財団法人日本博物館協会が定める「博物館における新型コロナウイルス感染拡大予防ガイドライン」に基き、入館方法の変更、入館者数の制限、アトラクションの同時体験人数の制限など感染拡大予防策を徹底した上で、7月1日に運営を再開した。